LEGAL AFFAIRS BUREAU

合併認証申請書＋合併総会議事録謄本

NPO法人（特定非営利活動法人）は、他のNPO法人と合併することができます。合併には社員総会の議決を経たうえで、所轄庁（都道府県知事または指定都市の長）の認証を受けることが必要で、認証を受けなければ効力を生じません。認証申請書には、合併を議決した社員総会の議事録の謄本を添付します。認証後は債権者保護手続を行い、最後に法務局で合併の登記をすることによって合併の効力が生じます。申請の様式や部数は所轄庁の条例で定められています。

地域差あり発行：都道府県・政令市最終確認：2026-08-05

誰が・どんなときに必要？

合併しようとするNPO法人が対象です。合併の相手方は他のNPO法人に限られます。合併の議決は社員総数の4分の3以上の多数で行う必要があります（定款に特別の定めがあるときはそれによります）。議決後に所轄庁へ認証を申請し、認証の通知があった日から2週間以内に貸借対照表・財産目録の作成と債権者への公告・催告（異議期間は2か月以上）を行い、合併に必要な手続が終了した日から2週間以内に登記をします。

手続きの流れ

1
社員総会で合併を議決する
合併には社員総会の議決が必要で、社員総数の4分の3以上の多数によります（定款に特別の定めがあるときはその定めによります）。定款変更の議決要件（社員総数の2分の1以上出席・出席者の4分の3以上）とは異なり、出席者数ではなく社員総数が基準です。社員総会に出席しない社員は書面又は代理人によって表決することができます（定款に別段の定めがあるときはその定めによります。NPO法14条の7第2項・4項）。議事録を作成し、申請に添付する謄本を用意します。
2
所轄庁に合併認証申請書を提出する
議決をした社員総会の議事録の謄本を添付した申請書を、都道府県・指定都市の条例で定めるところにより所轄庁に提出します。設立認証の規定が準用されるため、定款、役員名簿、役員の就任承諾書・誓約書の謄本、合併趣旨書、事業計画書・活動予算書なども必要です（内閣府Q&Aに新設合併の例があります）。様式・部数は所轄庁ごとに異なるので、提出先のサイトで確認してください。
3
縦覧・審査を経て認証の通知を受ける
所轄庁は、定款・事業計画書など申請書類の一部を、申請書を受理した日から2週間、公衆の縦覧に供するとともに、申請があった旨などをインターネットの利用等により公表します。認証・不認証の決定は、正当な理由がない限り縦覧期間経過後2か月以内（条例でより短い期間を定めたときはその期間内）に行われ、書面で通知されます。認証を受けなければ合併は効力を生じません。
4
債権者保護手続を行う（異議期間は2か月以上）
認証の通知があった日から2週間以内に、貸借対照表と財産目録を作成し、債権者の異議期間が満了するまで事務所に備え置きます。同じく2週間以内に、債権者に対し異議があれば一定の期間内に述べるべきことを公告し、判明している債権者には個別に催告します。この期間は2か月を下回ることができません。異議を述べた債権者には弁済・相当の担保提供等が必要です（合併をしても債権者を害するおそれがないときを除きます）。
5
法務局で合併の登記をし、所轄庁に届け出る
合併の認証その他合併に必要な手続が終了した日から2週間以内に、主たる事務所の所在地で、消滅する法人は解散の登記、存続する法人は変更の登記、新設する法人は設立の登記をします。合併は登記によって効力を生じます。登記後は遅滞なく、登記事項証明書と財産目録を添えて所轄庁に届け出ます。認証があった日から6か月を経過しても登記をしないときは、認証を取り消されることがあります。

主な必要書類

社員総会の議事録の謄本（合併を議決した総会のもの。法定の添付書類（NPO法34条4項））
定款（合併後の法人のもの）
役員名簿（役員の氏名・住所又は居所・報酬の有無を記載）
役員の就任承諾書及び誓約書の謄本
各役員の住所又は居所を証する書面（具体的な書面は条例で定められています）
社員のうち10人以上の者の氏名・住所又は居所を記載した書面
NPO法2条2項2号・12条1項3号に該当することの確認書（宗教・政治活動の制限、暴力団の統制下にないこと等）
合併趣旨書
合併の初年（度）及び翌年（度）の事業計画書・活動予算書（以上は内閣府Q&Aの新設合併の例。細目・部数は所轄庁で確認）

※ 機関設計や事案により必要書類は増減します。

費用（実費）

特定非営利活動促進法には合併認証申請の手数料の定めはありません（各所轄庁での取扱いは提出先の案内で確認してください）。認証後の合併の登記については、NPO法人の登記は登録免許税法別表第一に掲げられていないため、登録免許税の課税対象とされていません。登記事項証明書の取得手数料などの実費は別途かかります。

提出先・提出方法

主たる事務所が所在する都道府県の知事（その事務所が一の指定都市の区域内のみに所在する法人は当該指定都市の長）＝所轄庁のNPO担当窓口に提出します。提出方法・部数は都道府県・指定都市の条例と手引で定められているため、内閣府NPOホームページの所轄庁一覧から提出先を確認してください。認証後の合併の登記は、主たる事務所の所在地を管轄する法務局に申請します。

つまずきやすいポイント

認証を受けただけでは合併の効力は生じません。合併は主たる事務所の所在地で登記をすることによって効力を生じます。認証があった日から6か月を経過しても登記をしないときは、所轄庁から合併の認証を取り消されることがあります。
債権者への公告・催告の異議期間は2か月を下回ることができないため、認証の通知後すぐには登記できません。また、合併による変更・設立の登記の申請書には、公告・催告をしたことや異議債権者への弁済等を証する書面の添付が必要です（組合等登記令20条・21条）。
議決要件の取り違えに注意してください。合併の議決は社員総数の4分の3以上の多数で、定款変更（社員総数の2分の1以上出席・出席者の4分の3以上）とは基準が異なります。いずれも定款に特別の定めがあるときはその定めによります。
申請書の様式・添付書類の細目・部数は都道府県・指定都市の条例と手引で異なります。内閣府NPOホームページの所轄庁一覧で提出先を確認し、事前に窓口の案内・手引を確認することをおすすめします。
登記を怠ると、理事・監事・清算人が20万円以下の過料に処されることがあります（NPO法80条1号）。認証後に貸借対照表・財産目録を作成しない場合や、公告・催告の手続に違反した場合も過料の対象です（同条8号・9号）。

よくある質問

所轄庁の認証が下りたら、すぐに合併は成立しますか。

いいえ。所轄庁の認証は合併の効力要件のひとつですが、合併の効力そのものは登記によって生じます。認証の通知後、2週間以内に貸借対照表・財産目録の作成と債権者への公告・催告（異議期間2か月以上）を行い、これらの合併に必要な手続が終了した日から2週間以内に登記をして、はじめて合併が成立します。

吸収合併と新設合併で手続は違いますか。

社員総会の議決（社員総数の4分の3以上）、所轄庁の認証、債権者保護手続、登記という骨格はどちらも同じです。登記の内容が異なり、吸収合併では存続法人の変更の登記と消滅法人の解散の登記を、新設合併では新法人の設立の登記と消滅法人の解散の登記をします。新設合併では、定款の作成その他設立に関する事務を、各法人において選任した者が共同して行います。

債権者への公告はインターネットでもできますか。

定款で電子公告を公告方法と定めていれば、インターネットによる公告も認められます（内閣府Q&A）。公告方法が電子公告の場合には、事故その他やむを得ない事由で電子公告ができない場合の公告方法として、官報または日刊新聞紙のいずれかを定款に定めることもできます。債権者保護手続に入る前に、定款の公告方法の定めを確認してください。

合併の登記に登録免許税はかかりますか。

登録免許税は登録免許税法の別表第一に掲げられた登記に課される仕組みですが、NPO法人の登記は同表に掲げられていません。そのため、合併に伴う解散・変更・設立の登記に登録免許税は課されません。ただし、登記申請に添付する登記事項証明書の取得手数料などの実費は別途かかります。

出典・公式様式の入手先

様式ファイルは発行元（法務局・公証役場）の公式ページで配布されています。当サイトでは様式ファイルをホスティングしていません。最新版を必ず公式ページでご確認ください。本ページの記載は下記の公式情報に基づきます（最終確認 2026-08-05）。

この書式は、提出先の自治体・都道府県によって様式や必要書類が異なる場合があります。実際の提出前に、提出先の窓口または公式ページで最新の様式・要件をご確認ください。

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