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倉庫業登録申請書/港湾運送事業許可申請書/内航海運業登録・届出書

倉庫業・港湾運送事業・内航海運業は、いずれも国土交通省が所管する物流分野の参入手続ですが、制度の性質が異なります。倉庫業は登録制(倉庫業法3条)、港湾運送事業は許可制(港湾運送事業法4条)、内航海運業は使用する船舶の大きさで登録制と届出制に分かれます(内航海運業法3条1項・2項)。条文上はいずれも国土交通大臣の権限ですが、政令・省令により多くが地方運輸局長に委ねられており、実際の窓口は地方運輸局・運輸支局等になります。このページでは条文と国土交通省の手続案内をもとに要点を整理します。

全国統一様式発行:国土交通大臣最終確認:2026-08-06

誰が・どんなときに必要?

倉庫業は、寄託を受けた物品を倉庫で保管する営業を始めようとする方が営業開始前に登録を受けます。ただし倉庫業法2条2項と同法施行令1条は、銀行等の法令に基づく保護預り、製造加工や洗濯・修理等の営業に付随して自ら行う保管、外出時に携帯する範囲の物品の一時預り、他人の使用する自転車・自動車等の保管を倉庫業から除いています。港湾運送事業は種類及び港湾ごと(検数事業等は種類ごと)に許可が必要です。内航海運業は、内航運送のほか船舶の貸渡し・管理をする事業も含み(法2条2項)、船舶の大きさにより登録と届出に分かれます。

手続きの流れ

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    登録・許可・届出のどれに当たるかを確定する

    倉庫業は登録(倉庫業法3条)、港湾運送事業は許可(港湾運送事業法4条)です。内航海運業は、内航運送をする事業のほか、内航運送の用に供される船舶の貸渡しや管理をする事業も含みます(内航海運業法2条2項。海上運送法の旅客定期航路事業等や港湾運送事業法の港湾運送事業は除かれます)。総トン数100トン以上又は長さ30メートル以上の船舶によるものが登録(法3条1項)、100トン未満であって30メートル未満のものが届出(同2項)です。

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    申請書と事業計画・明細を作成する

    倉庫業の登録申請書には、氏名等・倉庫の所在地・倉庫の種類・倉庫の施設及び設備・保管する物品の種類などを記載します(倉庫業法4条1項)。港湾運送事業の許可申請書には氏名等・港湾運送事業の種類・港湾・事業計画を記載します(港湾運送事業法5条1項)。内航海運業は施行規則の登録申請書(第二号様式)、届出は事業開始届出書(第一号様式)を用います。

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    添付書類をそろえる

    倉庫業では倉庫明細書(第一号様式)、使用権原を証する書類、平面図・立面図・断面図、付近の見取図・配置図、倉庫管理主任者に関する書類などを添えます(倉庫業法施行規則2条2項)。港湾運送事業では資金の総額と調達方法・宣誓書・施設の図面等(同法施行規則4条7項)、内航海運業では資金計画・船員配乗計画・使用船舶の明細等を添えます。

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    管轄の地方運輸局等へ提出する

    倉庫業は主たる営業所の所在地を管轄する地方運輸局長が職権を行い(倉庫業法施行令2条1項、倉庫業法施行規則1条3項1号)、内航海運業も主たる営業所の所在地を管轄する地方運輸局長が職権を行います(内航海運業法施行規則19条1項)。港湾運送事業は港湾の所在地(検数事業等は主たる事務所の所在地)を管轄する地方運輸局を経由します。いずれも運輸支局又は海事事務所を経由できる場合があります。

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    登録免許税の納付を確認する

    倉庫業者の登録は1件9万円、港湾運送事業の許可は一般港湾運送事業9万円・港湾荷役事業6万円・はしけ運送事業等は各3万円、内航海運業の登録は1件9万円と登録免許税法別表第一に定めがあります。納付書による納付と領収証書の提出方法は提出先の案内に従ってください。内航海運業法3条2項の届出には別表第一に項がありません。

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    登録・許可の後に続く手続を押さえる

    倉庫業では倉庫寄託約款を実施前に届け出ます(法8条1項。規則5条1項は実施予定期日の30日前)。ただし規則5条2項により登録の申請書に約款を記載した書類を添付して届出に代えることができ、公示された標準倉庫寄託約款と同一の約款は届出をしたものとみなされます(法8条3項)。倉庫管理主任者の選任(法11条)、港湾運送事業の運賃料金の事前届出(法9条1項)、一般港湾運送事業者の港湾運送約款の認可(法11条1項)も続きます。

主な必要書類

  • 倉庫業登録申請書氏名等・倉庫の所在地・倉庫の種類・施設及び設備・保管する物品の種類等を記載します(倉庫業法4条1項、同施行規則2条1項)。
  • 倉庫明細書(第一号様式)・冷蔵施設明細書(第二号様式)冷蔵倉庫の場合は冷蔵施設明細書も添付します(倉庫業法施行規則2条2項1号イ)。
  • 倉庫及びその敷地についての使用権原を証する書類倉庫業法施行規則2条2項1号ロ。自己所有・賃借で用意する書類が異なります。
  • 倉庫の平面図・立面図・断面図、付近の見取図及び配置図倉庫業法施行規則2条2項1号ニ・ホ。施設設備基準への適合を証する書類も必要です。
  • 倉庫管理主任者の配置の状況及び要件を記載した書類倉庫業法施行規則2条2項1号ヘ。選任義務は同法11条にあります。
  • 登記事項証明書・役員が欠格事由に該当しない旨の宣誓書(法人の場合)既存の法人の場合です(倉庫業法施行規則2条2項2号)。設立中の法人は設立趣意書・定款・発起人又は役員の宣誓書・株式の引受又は出資の状況及び見込を記載した書類です(同項3号)。個人は戸籍抄本又は本籍の記載のある住民票の写し・申請者が欠格事由に該当しない旨の宣誓書・資産調書です(同項4号)。
  • 港湾運送事業の許可申請書の添付書類一式事業開始予定期日、事業の開始に要する資金の総額と調達方法、宣誓書、施設の図面、登記事項証明書等(港湾運送事業法施行規則4条7項)。
  • 内航海運業の登録申請書(第二号様式)と事業計画資金計画(第三号様式)・船員配乗計画(第四号様式)・使用船舶の明細(第五号様式)等を添付します(内航海運業法施行規則3条)。
  • 内航海運業の事業開始届出書(第一号様式)総トン数100トン未満であって長さ30メートル未満の船舶による場合の届出に用います(内航海運業法施行規則2条)。

※ 機関設計や事案により必要書類は増減します。

費用(実費)

登録免許税法別表第一に定めがあります。倉庫業者の登録は1件9万円(第140号(一))、倉庫の新設に係る変更登録(政令で定めるものに限る)は倉庫1個につき3万円(同(二))、トランクルームの認定は1個につき1万円(同(三))。港湾運送事業の許可は一般港湾運送事業9万円・港湾荷役事業6万円・はしけ運送事業・いかだ運送事業・検数事業・鑑定事業・検量事業は各3万円(第134号)。内航海運業の登録は1件9万円(第135号)。内航海運業法3条2項の届出には別表第一に項がありません。

提出先・提出方法

倉庫業は主たる営業所の所在地を管轄する地方運輸局長が窓口です(倉庫の有効面積の合計が10万平方メートルに満たない倉庫業に関する権限は地方運輸局長に委ねられています)。内航海運業も主たる営業所の所在地を管轄する地方運輸局長が窓口です。港湾運送事業は、一般港湾運送事業等は港湾の所在地、検数事業等は主たる事務所の所在地を管轄する地方運輸局(海事振興部港運課等)を経由します。運輸支局又は海事事務所を経由できる場合があります。

つまずきやすいポイント

  • 条文は「国土交通大臣の登録・許可」と書いていますが、倉庫業は施行令2条、内航海運業は施行規則19条1項、港湾運送事業は施行令5条により多くの職権が地方運輸局長に委ねられています。ただし検数事業等の許可は委任の対象に挙げられていないため、窓口は提出先に確認してください。
  • 事業をやめるときの届出の時期が法律ごとに違います。倉庫業には事業の「休止」の届出の定めはなく、営業を廃止したときにその日から30日以内に届け出ます(法20条1項)。内航海運業は休止・廃止したときにその日から30日以内(法16条)ですが、港湾運送事業は休止又は廃止の日の30日前までです(法20条)。港湾運送事業だけは事後の届出では条文の期限を満たしません。
  • 倉庫寄託約款は法8条1項で「実施前」の届出とされ、施行規則5条1項は実施予定期日の30日前までの提出を求めています。ただし登録の申請書に約款を記載した書類を添付して届出に代えることができます(同規則5条2項)。届出をしないで寄託の引受けをした場合は30万円以下の罰金に処するとされています(法30条1号)。
  • 内航海運業の線引きは、登録が「総トン数100トン以上又は長さ30メートル以上」、届出が「総トン数100トン未満であって長さ30メートル未満」です。届出をせず又は虚偽の届出をすると50万円以下の過料、登録を受けずに法3条1項の内航海運業を営むと1年以下の拘禁刑若しくは100万円以下の罰金に処し、又はこれを併科するとされています(法37条1号・33条1号)。
  • 港湾運送事業の許可は種類及び港湾ごとに必要ですが、法4条後段により、一般港湾運送事業・はしけ運送事業・いかだ運送事業の許可を受けた者は、その港湾を起点又は終点とする指定区間(法2条1項3号)でも当該事業を営むことができるとされています。これに当たらない港を新たに扱うにはその港の許可が要ります。無許可営業は3年以下の拘禁刑若しくは300万円以下の罰金又は併科とされています(法34条1号)。

よくある質問

手数料はいくらかかりますか。

国が行う登録・許可には登録免許税法別表第一に定めがあり、倉庫業者の登録と内航海運業の登録は各1件9万円、港湾運送事業の許可は事業の種類により9万円・6万円・3万円です。もっとも国土交通省の手続案内では、内航海運業の登録について「手数料:なし」と記載されています。登録免許税と手数料は別のものですので、納付の要否と方法は提出先の地方運輸局等に確認してください。

どのくらいの期間がかかりますか。

倉庫業法・港湾運送事業法・内航海運業法には、審査期間についての条文上の定めが置かれていません。国土交通省や各地方運輸局は手続ごとの標準処理期間を公表していますので、提出先の案内で最新のものを確認してください。標準処理期間はあくまで標準であり、実際の期間は事案により異なることがあります。書類の補正が必要になったときはその分の日数もかかります。

登録や許可を受けた後にも手続はありますか。

倉庫業は登録事項を変更しようとするときは変更登録を受け、省令が定める軽微な変更はその日から30日以内に届け出ます(法7条)。内航海運業も変更登録と30日以内の軽微変更の届出があり、承継は承継の日から30日以内の届出です(法7条・13条2項)。内航運送をする内航海運業者は安全管理規程の届出等も必要です(法11条)。港湾運送事業は事業計画の変更が認可、軽微な事項の変更は遅滞なく届出とされています(法17条)。なお、内航海運業を届出(法3条2項)で営む方も、届け出た事項を変更したときはその日から30日以内に届け出なければならず(法7条5項)、届出をせず又は虚偽の届出をした場合は50万円以下の過料と定められています(法37条1号)。

倉庫を増やしたときにも登録免許税はかかりますか。

倉庫の新設に係る変更登録は、登録免許税法別表第一第140号(二)により倉庫1個につき3万円とされています。ただし対象は同法施行令23条により、営業に使用している倉庫の滅失又はその用途の廃止に伴い倉庫を新設する場合以外の新設に係る変更登録に限られます。個別の当てはめは提出先に確認してください。

出典・公式様式の入手先

様式ファイルは発行元(国交省・観光庁)の公式ページで配布されています。当サイトでは様式ファイルをホスティングしていません。最新版を必ず公式ページでご確認ください。本ページの記載は下記の公式情報に基づきます(最終確認 2026-08-06)。

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